Время исследования зависит от цели, числа тем, состояния человека и выбранной процедуры. Время включает предварительную беседу, проверку понятности вопросов, регистрацию нескольких серий и обсуждение завершения. Слишком длинное исследование повышает утомление и ухудшает интерпретацию, поэтому специалист планирует перерывы и может прекратить работу.
До начала выясняют состояние здоровья, лекарства, недавний стресс, сон и добровольность участия. При риске для самочувствия или невозможности получить пригодные данные исследование переносят либо не проводят. Полиграф не является полностью безошибочным и не определяет ложь напрямую; безопасность процедуры не устраняет этого методического ограничения.