Универсальной расчётной методики для всех бухгалтерских экспертиз нет: набор приёмов зависит от вопроса, объектов и периода. Обычно применяются формальная и арифметическая проверка документов, сопоставление первичных данных с регистрами и отчётностью, хронологическая и встречная сверка, взаимный контроль связанных документов, анализ корреспонденции счетов и проверяемый расчёт.
Правила учёта выбирают по виду организации, операции и исследуемому периоду: учитываются Федеральный закон № 402-ФЗ, применимые ФСБУ, отраслевая нормативная база и учётная политика. Процессуальные требования зависят от вида производства и документа о назначении.
Проверяемость заключения определяется тем, видны ли в нём исходные данные, выполненные действия, промежуточные таблицы, ограничения и связь каждого вывода с материалами. Независимость оценивают отдельно — по отсутствию заинтересованности и конфликта интересов, а также по соблюдению процессуальных требований.