До сих пор не существует единой универсальной методики проведения фоноскопической экспертизы, и, по мнению экспертов, её появление невозможно в ближайшем будущем. Фоноскопическая экспертиза расположилась на стыке многих научных дисциплин, среди которых: акустка, высшая математика, лингвистика, физиология и психология. Универсальный подход в рамках фоноскопического исследования невозможен, так как редко удаётся найти несколько сопоставимых случаев.
Даже внутри экспертных организаций каждый эксперт предпочитает ту или иную методику в зависимости от поставленной задачи, объекта исследования и своих специальных знаний. Традиционно считают, что в России существуют несколько основных методик проведения фоноскопических исследований – методика МВД РФ, методика Министерства Юстиции РФ и методика «Центра речевых технологий». Каждая методика имеет свои достоинства и недостатки, но в целом все дают качественный и достоверный результат.
Выбор конкретной методики зависит как от предпочтений самого эксперта, так и от специфики объекта исследования.