Судебную экспертизу назначает суд, судья, следователь, дознаватель или другой уполномоченный законом орган либо должностное лицо — в зависимости от вида производства. Основанием служит определение или постановление, где указываются эксперт либо организация, вопросы и передаваемые материалы.
Гражданин, адвокат или организация не «назначают» судебную экспертизу самостоятельно. Они могут заказать внесудебное исследование по договору, а в процессе — заявить ходатайство, предложить кандидатуру экспертной организации и формулировки вопросов. Окончательное решение о назначении, составе объектов и вопросах принимает уполномоченное лицо.