Заключение государственного экспертного учреждения также можно проверить с научной и методической стороны. Ведомственная принадлежность сама по себе не подтверждает безошибочность каждого метода и не лишает сторону права представить мотивированные замечания. Однако рецензент не может отменить документ или признать действия учреждения незаконными.
Проверяющий должен обладать компетенцией по тем же вопросам и учитывать правила, действовавшие для конкретной экспертизы. Федеральный закон № 73-ФЗ закрепляет принципы объективности, всесторонности и научной обоснованности исследования, права и обязанности эксперта и требования к заключению. Процессуальное значение рецензии и дальнейшие действия определяет орган, рассматривающий дело, по применимому кодексу.