Отбирать пробы лучше эксперту или специалисту лаборатории при второй стороне, а что именно брать, зависит от того, что будут искать. Для диагностики болезней нужны целые живые растения с корнями, на которых видна граница больной и здоровой ткани; их упаковывают в бумагу, а корни с почвой — отдельно в пакет, охлаждают, но не замораживают, и доставляют в лабораторию за один-два дня. Для анализа на остатки пестицидов растений берут столько, сколько требует методика лаборатории, обычно сотни граммов, из повреждённой и контрольной зон, как можно раньше, и замораживают. Для последействия гербицида берут пары проб верхнего слоя почвы из тех же зон.
Качество семян сразу проверяют по средней пробе той же партии, отобранной по стандарту вместе с поставщиком; опечатанный дубликат хранят сухим и прохладным до конца спора. Каждую пробу подписывают: где, когда и кем отобрана, с координатами и фотографией места. Пробы, взятые одной стороной без уведомления другой, почти всегда оспариваются, поэтому вторую сторону приглашают на отбор письменно.