Сначала нужно разделить вопросы по предмету и методам. Финансовое состояние и денежные потоки исследует эксперт-экономист, отражение операций в учёте — бухгалтер, налоговый расчёт — специалист соответствующего профиля, а рыночную стоимость имущества обычно определяет оценщик. После этого решают, связаны ли результаты настолько, что необходима комплексная экспертиза, или исследования можно провести отдельно.
По общему правилу комиссионная экспертиза означает участие нескольких экспертов одной специальности, а комплексная — специалистов разных специальностей. В гражданском процессе комплексной может быть и работа по разным научным направлениям в пределах одной области знания. Точное определение зависит от применимого процессуального кодекса. Несколько вопросов одному эксперту не делают исследование комиссионным автоматически. Состав экспертов и окончательный круг вопросов определяет назначивший экспертизу субъект.