Бухгалтерская экспертиза опирается прежде всего на документальные источники: первичные документы, регистры, отчётность, договоры, банковские выписки, инвентаризационные материалы и данные учётных систем. Эксперт сопоставляет не внешний вид бумаг, а отражённые в них хозяйственные операции. Электронная база или выгрузка может быть столь же значимым источником, как бумажный документ, если зафиксированы её происхождение, состав, период и параметры формирования.
Эксперт не проводит допросы, не разыскивает имущество и не собирает доказательства вместо суда или заказчика. Пояснения участников могут помочь понять структуру массива, но не заменяют отсутствующие сведения об операции. Для цифрового файла фиксируют имя, размер, формат, параметры выгрузки и SHA-256; исходник сохраняют без изменений, а преобразования отражают в журнале. Если происхождение или целостность электронной версии оспариваются, может потребоваться компьютерно-техническое исследование.