Судебную экспертизу назначает суд, следователь, дознаватель или иной уполномоченный орган. Он определяет вопросы, объекты и порядок их предоставления, а эксперта предупреждают об ответственности за заведомо ложное заключение. Сторона не передаёт назначенному эксперту дополнительные базы вне установленного этим органом порядка и не обсуждает с ним возможный вывод в одностороннем порядке.
Внесудебное исследование выполняется по договору с заказчиком, обычно до назначения экспертизы. Вопросы и состав материалов согласуют с ним, а результат оформляют как заключение специалиста или иной документ в соответствии с задачей. Само название документа не придаёт ему заранее установленной доказательственной силы.
В обоих случаях необходимы идентификация объектов, работа с копиями, воспроизводимая среда, описание действий и проверка альтернативных причин и ограничений. Порядок получения и исследования материалов зависит от формы работы. Если специалист уже работал для стороны, это раскрывают при обсуждении его назначения; вопрос об отводе решает назначивший орган.