Различаются основание, порядок и статус эксперта. Судебная экспертиза проводится по определению суда либо постановлению следователя, дознавателя или иного уполномоченного законом лица: этот же орган определяет круг вопросов и направляет объекты. Внесудебное исследование выполняется по договору со стороной — обычно до обращения в суд.
Ключевое различие — предупреждение эксперта об уголовной ответственности за заведомо ложное заключение: при судебной экспертизе оно обязательно, во внесудебном исследовании его нет вовсе, и это учитывают при оценке документа. Для споров о 1С есть и практическое соображение: база живёт и меняется каждый день, поэтому копию спорного состояния снимают задолго до того, как дело дойдёт до назначения экспертизы.
Содержание работы в обоих случаях совпадает: те же объекты, методы и требования к проверяемости. Специалиста, работавшего на сторону, при последующем назначении раскрывают, и вопрос об отводе решает суд.