Обновление и доработки конфликтуют по устройству платформы, и исход зависит от режима поддержки. Если конфигурация на поддержке с включённой возможностью изменения, обновление вендора ставится штатно, но по изменённым объектам платформа предлагает разрешить конфликт вручную. Делает это человек, и если не тот, кто писал доработку, её логика теряется или смешивается с новой типовой — отсюда «после обновления всё сломалось».
Если поддержка снята полностью, штатное обновление применить нельзя вообще: сравнивать и объединять приходится с полным дистрибутивом новой типовой конфигурации, вручную и целиком. Это дороже, дольше, и именно здесь доработки теряются чаще всего. Расширения смягчают проблему, но не снимают: они заимствуют типовые формы и модули, и после переработки их вендором заимствование может перестать работать без сообщения об ошибке.
Эксперт устанавливает проверяемое: версии и релизы до и после, режим поддержки, изменившиеся объекты, статус расширений, записи журнала в момент перехода.