Выявить можно, но «качество» требует критерия — иначе оценка превращается во вкусовщину. Поэтому исследование опирается на названный критерий: пункт технического задания, согласованное функциональное требование, договорное условие. Относительно него и устанавливают, что реализовано, что реализовано иначе, что не работает в описанных условиях и что проверить на представленных объектах невозможно.
Технически проверяемого много: сравнение с конфигурацией поставщика показывает состав доработок, разбор изменённых алгоритмов — как считается спорный показатель, воспроизведение на копии базы — при каких данных возникает ошибка. Отдельно смотрят, не нарушает ли кастомизация штатную логику проведения документов: тогда расхождения проявляются не сразу.
Про влияние на отчётность важна оговорка: мы устанавливаем, что и по какому алгоритму посчитала система, но достоверность самой отчётности оценивает бухгалтерская экспертиза.