Есть ли смысл в экспертизе детско-родительских отношений если последние годы ребёнок живёт с мамой, а папу видел всего несколько раз?

Все зависит от цели судебного процесса. Если папа хочет определить место жительства с ним, то, скорее всего, он проиграет - если ребенок в долгое время жил только с мамой, тогда экспертиза ничего не решит.  
Если цель судебного процесса - определение порядка общения, то экспертиза может быть полезна, особенно, если папа все-таки виделся с ребенком. В этом случае результат экспертизы сильно зависит от возраста ребенка.
Надо помнить, что экспертиза кроме прочего направлена и на выявление негативных личностных качеств родителей, следовательно, она может выявить и позитивные качества папы, что может им впоследствии быть использовано в суде в свою пользу. Кроме того, если ребенок все-таки видится с отцом иногда, то в ходе исследования их совместной деятельности могут всплыть какие-то позитивные эмоции ребенка по отношению к отцу, что также может ему помочь в будущем.
Также, если у отца есть сомнения в необходимости экспертизы, то он может пройти психологическое обследование по имеющимся методикам, и представить его в суд.