Передают как есть. Вырезать ключи и токены из файла нельзя: это изменит исследуемый объект, и другая сторона справедливо на это укажет. Передают по защищённому каналу и в узком кругу лиц — архив шифруют, пароль сообщают отдельно, состав и контрольные суммы фиксируют актом приёмки.
А вот отозвать или заменить ключ на стороне службы объект не меняет: файл и его контрольная сумма остаются прежними. Дело тут в работоспособности: замена зашитого ключа выключит все установленные копии, пока пользователи не обновятся. Поэтому такие ключи обычно не меняют, а ограничивают со стороны службы — привязкой к приложению и его подписи в магазине, квотами, проверкой подлинности. Если замена неизбежна, службу на время настраивают принимать и старое, и новое значение.
Учитывайте и то, что переданный файл с рабочими ключами попадёт к эксперту, а по судебной экспертизе — в материалы дела, то есть к другой стороне. Ключ подписи не передают вовсе, а при подписании площадкой его и нельзя выгрузить. Если экспертиза назначена судом, материалы идут через назначивший орган.