До разработки проекта, а не после. Этот ответ экономит больше всего денег.
Рабочий порядок такой: точно определить предмет охраны и режимы использования территории; проверить полноту имеющихся исследований и восполнить пробелы; согласовать принципиальные решения на стадии эскизного проекта; и только затем разрабатывать проект и рабочую документацию.
Проект, разработанный без этой подготовки, нередко приходится переделывать целиком, потому что несоответствие обнаруживается не в деталях, а в замысле — например, вся функциональная схема построена на объединении помещений, планировочная структура которых охраняется.
Отдельный случай — объекты с неутверждённым предметом охраны, прежде всего выявленные. Здесь проектированию должно предшествовать его определение, иначе проект разрабатывается вслепую и риск переделки максимален.