Органы отбирает специалист при вскрытии; труп скота или птицы до прихода ветеринарного врача госветслужбы не трогают. Каждую пробу кладут в отдельную чистую тару без консервантов, лучше стеклянную, и подписывают: что это, откуда, когда и кем взято. Органы, содержимое желудка или рубца, мочу, жир, половину головного мозга и рвотные массы замораживают при −18…−20 °C. Цельную кровь с антикоагулянтом охлаждают и за сутки-двое доставляют в лабораторию, а сыворотку из второй пробирки отделяют и замораживают. Корм и воду отбирают отдельно, для спора — по стандарту на отбор проб.
Для спора важен порядок отбора. Составьте акт с фотографиями, по возможности пригласите вторую сторону, представителя госветслужбы или свидетелей, опечатайте пробы и оставьте контрольный образец для повторного исследования. Пробы, которые владелец взял один, другая сторона может оспорить.
Если судебная экспертиза уже назначена, объекты и документы передают эксперту только через суд или следователя.