Проверяют объект и период исследования, использованные требования, квалификацию исполнителей, программу отбора проб и измерений. В заключении должны быть названы методы, приборы, исходные данные и полученные значения; рассуждения должны объяснять, как из этих результатов следуют ответы. Отдельно проверяют, учтены ли ограничения и другие возможные объяснения.
Основанием для замечаний может стать перенос современного замера на прошлое без подтверждения сопоставимости условий, вывод обо всём объекте по одному показателю или подмена медицинской причинности санитарным нарушением. Рецензия помогает описать и обосновать такие недостатки, но сама заключение не отменяет. В судебном деле можно поставить вопрос о разъяснении заключения, вызове эксперта, дополнительной или повторной экспертизе; решение принимает уполномоченный орган по правилам соответствующего процесса. Официальное санитарно-эпидемиологическое заключение обжалуют в административном или судебном порядке.