Бухгалтерская экспертиза не заменяет аудит и не гарантирует освобождение от штрафа. Она исследует конкретный вопрос по заданному периоду и материалам. Аудит представляет собой независимую проверку бухгалтерской (финансовой) отчётности для выражения мнения о её достоверности; в предусмотренных законом случаях он может охватывать часть отчётности или иную финансовую информацию. Постановка учёта, исправление ошибок и профилактика санкций относятся к работе бухгалтерии, аудитора и консультантов.
Экспертное исследование может показать, какие записи не соответствуют первичным документам или применимым правилам и как расхождение повлияло на показатель. Но оно не гарантирует освобождение от штрафа: состав правонарушения, вина, срок давности и последствия исправления оценивает уполномоченный орган или суд. Если задача касается исчисления налога, требуется компетенция в области налоговой экспертизы.