Начните с исходных условий: совпадают ли стороны, договоры, начальная и конечная даты, валюта и состав сумм. Затем проверьте начальное сальдо и каждую строку — есть ли ссылка на первичный документ и платеж, не пропущены ли возвраты, корректировки и зачёты.
Затем разберите порядок распределения платежей. Если он выбран без объяснения при неоднозначном назначении, итог может быть лишь одним из возможных вариантов. Формулы должны быть доступны, а основной долг отделён от процентов и неустойки. При большом массиве удобнее составить таблицу разногласий между двумя расчётами. Для проверки экспертного заключения можно заказать рецензию на экономическую экспертизу, не подменяя ею новое исследование объектов.