Организационная форма учреждения не даёт заключению заранее установленного преимущества или недостатка. Если судебную экспертизу надлежащим образом поручили негосударственному эксперту, он готовит заключение в рамках соответствующего процесса. Суд оценивает документ вместе с другими доказательствами, а не по слову «государственный» или «независимый» на титульном листе.
При оценке имеют значение компетентность конкретного эксперта, пригодность объектов и образцов, применимость методики, полнота исследования, проверяемость промежуточных результатов и соответствие выводов поставленным вопросам. Договорное исследование судебной экспертизой не является; порядок его представления и процессуальный статус определяются отдельно. Нельзя заранее обещать приобщение документа, определённый доказательственный вес или решение суда.