Комиссионную экспертизу проводят два или более эксперта одной специальности. Её могут назначить из-за сложности или большого объёма почерковедческих объектов, необходимости совместной оценки либо иных обстоятельств конкретного дела.
Каждый участник проводит исследование в пределах своей компетенции. При общем мнении эксперты формулируют совместный вывод; при разногласиях тот, кто не согласен, излагает собственный вывод в установленном процессуальном порядке.
Комиссионную экспертизу не следует путать с комплексной: во второй нужны разные области знаний или научные направления. Число подписавших заключение само по себе не делает его убедительнее — обоснованность исследования оценивает тот, кто рассматривает дело.