Судебную экспертизу назначает суд или иной уполномоченный орган; её вопросы, материалы и порядок работы определяются процессуальными нормами. Исследование, заказанное по договору, может использоваться для подготовки позиции и представления сведений, но не становится судебной экспертизой по желанию заказчика. Статус и доказательственное значение документа оцениваются в установленном порядке.
В заключении должна быть понятна связь каждого вывода с конкретными объектами, отбором, методами и результатами. Важны квалификация исполнителя, сохранность и достаточность материалов, применимость методов и указанные ограничения. Ни репутация организации, ни наличие лабораторных протоколов не гарантируют принятия выводов судом: документ рассматривают вместе с другими доказательствами.
До назначения можно запросить сведения о возможности исследования, кандидатуре эксперта, необходимых материалах, сроке и стоимости. Общие принципы независимости и подготовки заключения изложены в справке о Законе № 73-ФЗ. Окончательный круг вопросов определяет назначивший орган.