Без исходного кода эксперт исследует саму программу: запускает её на стенде и проверяет функции по сценариям, наблюдает, какие файлы она создаёт и с какими адресами соединяется, разбирает исполняемые файлы, используемые библиотеки и строки. Код программ для .NET и Java нередко восстанавливают в почти исходном виде, если разработчик не запутал его специально.
Ограничения появляются, когда вопрос касается внутренней логики. Без кода не всегда можно показать, в какой строке возникает ошибка, оценить качество разработки или сравнить программы с той же подробностью. Программы на C или C++ после компиляции разбирать дольше, и выводы об их логике получаются менее детальными. Эти ограничения заключение называет.
Если код у другой стороны, в судебном деле его можно истребовать через суд. Укажите в ходатайстве, какая версия нужна и для ответа на какой вопрос.