Да, ведомственная принадлежность учреждения не исключает профессиональной проверки заключения. К работе государственного и негосударственного эксперта применимы требования об обоснованности, полноте, проверяемости исследования и соответствии выводов установленным данным. Рецензент оценивает конкретный документ, объекты, образцы, методику и логику, а не репутацию организации в целом.
Сам факт подготовки заключения государственным учреждением не доказывает ни его безошибочность, ни наличие недостатков. Замечания должны быть предметными: со ссылками на страницы, иллюстрации и применимые методические положения. Рецензия также не отменяет заключение автоматически. Её доводы могут использоваться при подготовке вопросов эксперту или процессуального ходатайства, а окончательную оценку материалов даёт суд либо орган расследования.