Закон допускает оба варианта, и выбор зависит от того, чем вы рискуете. Своими силами разумно проверять простые и однотипные работы, где объёмы легко измеримы, документация полная, а цена вопроса невелика. Внешнюю организацию привлекают там, где нужны инструментальный контроль, вскрытия скрытых работ, проверка расценок или где велика вероятность последующей проверки.
Есть и практическая разница в весе документа. Заключение независимой организации сложнее оспорить: у контролирующего органа и у подрядчика меньше поводов ссылаться на заинтересованность проверяющего. Если по объекту уже есть жалобы, обращения или предшествующие нарушения, внешняя проверка почти всегда оправдана.
Отдельно учитывайте случаи, когда привлечение внешних экспертов обязательно в силу закона: их проще заранее выявить по условиям закупки, чем объясняться потом. Если сомневаетесь — пришлите контракт, мы скажем, требуется ли внешняя экспертиза результатов в вашей ситуации.