Первый по значению документ — основание предоставления средств: договор, соглашение о предоставлении субсидии, контракт, решение о гранте. В нём определены цели, допустимые направления расходов, ограничения и сроки, и без него сравнивать расходы не с чем.
Далее — платёжные документы о поступлении целевых средств и выписки по всем счетам за период, первичные документы по произведённым расходам: договоры, накладные, акты, платёжные поручения.
Нужны регистры учёта, включая аналитику по источникам финансирования, если раздельный учёт вёлся, учётная политика и закреплённый порядок распределения накладных расходов, отчёты об использовании средств, представленные распорядителю или заказчику.
При авансировании подряда добавляются акты приёмки работ и справки о стоимости. Если требование уже предъявлено — материалы проверки и расчёт контролирующего органа: с них исследование обычно и начинается.