Проверку проводят по согласованной программе доступными методами, но понятие «проверить все ГМО» слишком широко. Исследование направлено на определённые генетические последовательности или другие установленные признаки. Отрицательный ответ означает необнаружение признака в пределах выбранного метода и пробы, а не доказанное отсутствие любых генетических модификаций. Сильная переработка продукта и сохранность материала могут ограничить анализ.
Качественное обнаружение и количественная оценка — разные задачи. Доля мишени не всегда позволяет определить долю ингредиента; интерпретацию обосновывают для конкретной продукции. До заказа нужны состав с этикетки, вид продукта, сведения о партии и цель документа. Исполнитель должен определить подходящие мишени, пределы метода и порядок отбора. Заключение о выбранных показателях не заменяет проверку всей маркировки, всех требований безопасности или медицинскую оценку.