Поиск арифметических ошибок — только одна из задач. Бухгалтерская экспертиза может установить, отражена ли конкретная операция, согласуются ли записи аналитического и синтетического учёта, подтверждается ли показатель первичными документами, как сформирована себестоимость или задолженность и чем объясняется расхождение сумм в разных источниках.
При этом эксперт не восстанавливает весь учёт организации без определённой цели и не устанавливает виновного в искажении. Причина расхождения может быть доступна лишь в пределах документов: например, повторное проведение записи, неверный период или отсутствие первичного основания. Намерение лица и правовые последствия выявленного факта оценивают другие участники процесса. Для общей проверки отчётности и системы внутреннего контроля выбирают аудит, а экспертный вопрос формулируют уже по конкретному спорному участку.