Да, если к моменту спора у вас сохранятся исследованные копии с контрольными суммами и документы проекта. Заключение фиксирует технические факты на ту дату, которой соответствуют исследованные копии: что было поставлено, как работает спорная функция, какие данные и события отражены в системе. Заранее установленной силы у заключения нет: суд оценивает его вместе с договором, перепиской, актами и показаниями.
Заключение специалиста сторона представляет сама, а судебную экспертизу назначает суд, обычно по ходатайству стороны. В арбитражном процессе суд может признать заключение специалиста иным документом, а порядок назначения экспертизы и оценки заключения установлен Арбитражным процессуальным кодексом РФ. Если подрядчик представит своё заключение, его можно проверить рецензией и заявить ходатайство о назначении судебной экспертизы. Специалист, который готовил исследование для вас, может получить отвод, если его предложат экспертом по тому же делу.