Большинство исследований начинают с сохраняющих методов: осмотра, микроскопии, специального освещения и анализа изображений. Иногда для исследования вещества штрихов или бумаги необходим отбор микропроб либо иное частичное изменение объекта. Возможность, объём и последствия таких действий эксперт сообщает заранее. При судебной экспертизе требуется разрешение органа, назначившего исследование, если изменение объекта неизбежно. Без такого разрешения методы не применяются произвольно. Все места воздействия фотографируются и описываются, а остаток объекта сохраняется и возвращается в установленном порядке.