Для первого обращения — ничего: достаточно описать ситуацию, назвать языки и примерный объём кода. Когда дойдёт до исследования, кроме самого кода помогают история разработки — лучше зеркальной копией репозитория, а не выгрузкой последней версии, и она же нужна экспертизе сроков и хронологии разработки, — договоры, техническое задание и акты приёмки, а при споре с бывшим сотрудником трудовые договоры и служебные задания.
Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ полезно дважды: внесённые в реестр сведения считаются достоверными, пока не доказано иное (пункт 6 статьи 1262 ГК РФ), а с приложенным депонированным материалом можно сверить код. Но по существу при регистрации ничего не проверяют — ни авторство, ни оригинальность, ни отсутствие заимствований: сведения вносят со слов заявителя, и презумпция значит лишь, что опровергать их придётся другой стороне.
Про второй код спросите себя заранее: на каком основании он у вас. Правомерно приобретённый экземпляр, дистрибутив, общедоступный репозиторий — обычные источники. А если код принадлежит другой стороне и закрыт, его получают процессуально: ходатайством об истребовании, определением о назначении экспертизы, выемкой.