Работать можно и с тем и с другим, меняются лишь границы вывода. По фрагментам устанавливают совпадения в пределах представленного, но не долю от программы: доля считается от переданного, и в заключении это сказано прямо. При большом объёме сплошная ручная проверка может не уложиться в срок. Тогда очередь строится по признакам, наблюдаемым до разбора: длина совпадения, редкость совпавших лексем и констант, число уровней, где оно зафиксировано, расположение вне порождённого кода и библиотек. Правило очереди и объём просмотренного приводятся в заключении, и отрицательный вывод даётся в этих границах.
Важнее другое ограничение. По двум снимкам кодовых баз без истории разработки устанавливается наличие и характер связи между ними, но не то, какая первична.
Поэтому историю разработки передавайте вместе с кодом. Но учтите: даты в копии репозитория, переданной стороной, эксперт не удостоверяет — их задаёт сам участник. Датируют события следы, которые сторона не контролирует: записи площадки размещения, зеркала, резервные копии.