Их выстраивают по датам и связывают с источником: дополнительным соглашением, письмом, задачей в трекере, комментарием к макету, протоколом встречи. Затем определяют, какой набор требований действовал, когда собирали спорную версию сайта. Требование, появившееся позже, к более ранней сборке не применяют, а задачу в трекере не считают согласованной только потому, что её кто-то создал.
Имело ли письмо или задача договорную силу, эксперт не решает. Удобнее всего, если редакцию требований назовёт суд в определении о назначении экспертизы; это можно предложить в ходатайстве. Если суд её не определил, а стороны спорят, например, отказался ли заказчик от личного кабинета, пункт проверяют в двух вариантах и показывают, чем различаются результаты.
Чтобы хронологию можно было восстановить, сохраните переписку и историю задач целиком, а не только выгодные фрагменты.