Окончательные вопросы судебной экспертизы определяет суд, но стороны могут предложить свои. Объект и эталон в вопросе называют по реквизитам — имени файла, контрольной сумме, листу дела, номеру приложения, — а не словами «принятая версия» или «утверждённый макет»: что принято и утверждено, оценивает суд. Например: какие функции из пунктов 4.1–4.6 ТЗ реализованы в версии сайта из архива «…» с указанной контрольной суммой; соответствуют ли страницы каталога макетам из приложения № … к договору; передаёт ли сайт заявки в CRM в формате спецификации интеграции.
Вопрос о соответствии всему ТЗ лучше разбить по группам требований и оставить только спорные. Спрашивать эксперта о нарушении договора, вине и обязанности платить не нужно: это правовая оценка, а не техническая.
Перед ходатайством убедитесь, что спорная версия сохранена и её можно передать эксперту, а если копии истца и ответчика различаются, предложите суду исследовать обе.