Да, с оговорками. Авторское право на программу, текст или фотографию возникает без регистрации, и оценке мешает не её отсутствие, а неясность принадлежности права: нужны договоры с авторами, документы о создании, депонирование. Для товарного знака и патента до регистрации права ещё нет — есть заявка, и оценивается она как ожидание права с риском отказа.
Если регистрация оспаривается или идёт спор о принадлежности права, эксперт считает стоимость при условии, заданном в вопросе: что право действует и принадлежит заявителю. Другой вариант — два значения, при сохранении права и при его утрате; какое из условий состоялось, решает суд.
Вероятность исхода спора эксперт-оценщик не оценивает — это задача юриста. Приложите к обращению материалы спора: от них зависит, какие условия записать в задание.