Различаются основание, порядок передачи материалов и ответственность эксперта. Судебная экспертиза проводится по определению суда или постановлению органа расследования, материалы поступают через них, а эксперт предупреждается об уголовной ответственности за заведомо ложное заключение.
Внесудебное исследование выполняется по договору со стороной: материалы передаёт заказчик, предупреждения об уголовной ответственности нет. Методы и требования к описанию объектов при этом те же, и такое исследование используют, чтобы оценить перспективу до иска или обосновать ходатайство о назначении экспертизы.
После назначения судебной экспертизы порядок общения меняется: назначенный эксперт не принимает материалы от одной стороны, а доступ к оборудованию согласуется через назначивший орган.