Отличается не метод, а основание и порядок. Судебную экспертизу назначает своим актом суд или орган расследования, материалы поступают через них, а эксперт предупреждается об уголовной ответственности за заведомо ложное заключение. Внесудебное исследование выполняется по договору со стороной: материалы даёт заказчик, такого предупреждения нет.
По .NET разница особенно заметна на площадке и на стенде. Внесудебно эксперт работает с тем, что дал заказчик: его сборками, его копией базы, его площадкой. После назначения экспертизы сборки другой стороны, доступ к её серверу и к хранилищу исходных текстов запрашивают через назначивший орган, и он же определяет порядок и время работ на площадке.
Стадия обычно и диктует выбор. До иска берут внесудебное исследование, чтобы понять, есть ли предмет, и обосновать ходатайство о назначении экспертизы. Требования к описанию объектов и к воспроизводимости в обоих случаях одинаковы: заключение, написанное без них, в деле не работает.