Смотря какое средство применено. При обычном переименовании исследование становится дольше, но предмет не исчезает: состав подключённых пакетов, обращения к базе и внешним сервисам, структура данных устанавливаются и по такой сборке, а спрятанные текстовые строки восстанавливаются наблюдением за работой программы. Есть и тяжёлые средства — упаковщики и преобразователи кода в собственное представление, — после которых привычные способы сразу не работают: сборку сначала приводят в обычный вид отдельными средствами, и удаётся это не всегда.
Что действительно страдает — понимание назначения конкретных методов: имена заменены бессмысленными наборами знаков, и назначение приходится выводить из поведения. Такой вывод эксперт помечает как предположительный, а не выдаёт за установленный факт.
Само наличие защиты — самостоятельный факт, который устанавливают до всего остального: какие сборки обработаны, каким средством, какая доля кода закрыта. Нарушает ли это обязательства подрядчика, решает суд: технический вывод даёт для этого основание, но правовой оценки не заменяет.