Это два разных спора, и различать их полезно до постановки вопросов. Первый — о выборе платформы: заказчик считает, что систему следовало делать на современной линейке .NET, а получил её на прежней .NET Framework. Эксперт устанавливает факт — под какую платформу и версию собрана программа; было ли требование к платформе в задании, определяют по документам, а без такого требования вывод о «неправильном выборе» становится оценочным — такую оценку даёт суд, а не эксперт.
Второй — о полноте выполненного переноса. Здесь работа предметнее: сравнивают состав функций до и после, проверяют, какие части остались на прежней платформе и какие внешние компоненты не имеют замены, воспроизводят заявленные сценарии на обеих версиях.
Типичные находки во втором случае — фрагменты, работающие через прослойку совместимости, и функции, изменившие поведение из-за смены версий библиотек.