Разница в объекте. Экспертиза сайта смотрит на ресурс как на целое: что было опубликовано, доступен ли он, работает ли для посетителя, кому принадлежит домен. Экспертиза исходного кода на JavaScript исследует другое — сам код и работы по его созданию: что написано, что попало в поставку, соответствует ли это техническому заданию, чем объясняется ошибка и не заимствованы ли фрагменты.
Выбирают так. Нужно зафиксировать, что было на странице в конкретный день, или подтвердить факт публикации — это задача исследования сайта. Спорите с подрядчиком о том, сделана ли работа, почему приложение считает неверно и полон ли переданный комплект, — задача сюда. Нередко в одном деле нужно и то и другое; тогда вопросы объединяют в комплексном исследовании, и материалы собирают один раз.
Подробнее об исследовании ресурса целиком рассказано на странице экспертизы веб-сайтов. Если сомневаетесь, к какой задаче относится ваш случай, опишите ситуацию — разберём без оплаты.