Различаются основание, порядок и статус эксперта. Судебная экспертиза проводится по определению суда либо постановлению следователя, дознавателя или иного уполномоченного законом лица: этот же орган определяет круг вопросов и направляет объекты. Внесудебное исследование выполняется по договору со стороной — обычно до обращения в суд.
Ключевое различие — предупреждение эксперта об уголовной ответственности за заведомо ложное заключение: при судебной экспертизе оно обязательно, во внесудебном исследовании его нет вовсе, и это учитывают при оценке документа. Есть и причина выбирать внесудебное исследование, характерная именно для JavaScript: браузерная сборка живёт до ближайшего обновления сайта, и внесудебное исследование нередко проводят просто потому, что объект исчезнет раньше, чем дело дойдёт до назначения экспертизы.
Содержание работы по коду в обоих случаях совпадает: те же объекты, методы и требования к проверяемости. Учтите: специалиста, работавшего на сторону, при последующем назначении раскрывают, и вопрос о его кандидатуре и об отводе решает суд.