Устанавливается всё, кроме содержимого закрытых файлов. Эксперт определяет, какие именно файлы закрыты и каким энкодером — чаще всего это ionCube PHP Encoder, у старых проектов встречается Zend Guard, который на PHP 7 и позже не переносили, — какую долю проекта они составляют, какие функции сайта на них завязаны и что перестаёт работать при истечении лицензии или отсутствии нужного расширения на сервере.
Этого обычно достаточно для спора: заказчик получил работающий сайт, но не получил исходного кода той части, которая закрыта, и не может ни доработать её сам, ни передать другому подрядчику. Факт закрытия и его последствия — проверяемые обстоятельства.
Восстанавливать исходный текст из закрытого файла эксперт не пытается: результат такой операции ненадёжен и не может быть положен в основу вывода. Вместо этого в заключении указывается, что содержимое этих файлов исследованию по представленным материалам не подлежит.