Разные объекты. Экспертиза сайта отвечает на вопрос, что было опубликовано по адресу и работает ли ресурс: объект — то, что видит посетитель, и состояние на конкретный момент. Такие задачи закрывает экспертиза веб-сайтов.
Экспертиза кода на PHP исследует программное обеспечение и работы по его созданию: соответствует ли сделанное техническому заданию, что написал подрядчик, а что пришло с коробочной системой, есть ли заимствования, почему функция не работает. Для этого нужен доступ к файлам сайта и базе данных, а не только к публичным страницам.
Один спор часто требует обеих задач: зафиксировать опубликованное и разобрать код. Тогда их объединяют в одном исследовании, но вопросы формулируют раздельно — иначе в заключении смешиваются разные объекты и разные методы.