Вычитанием общего основания. На сайтах, собранных на одной коробочной системе, совпадения неизбежны и сами по себе ничего не доказывают: ядро, стандартные модули, установленные Composer'ом библиотеки, сгенерированные каркасом файлы, результат автоматического форматирования кода — всё это будет одинаковым у независимых разработчиков.
Поэтому из сравнения сначала исключают всё перечисленное, а затем сопоставляют только остаток. Значимыми считают совпадения, которые невозможно объяснить общим основанием: одинаковые опечатки и комментарии, идентичные имена служебных переменных, повторяющаяся структура нестандартных решений, следы одного и того же пути разработки в конфигурации.
Каждое такое совпадение проверяется вручную, а не принимается по проценту сходства, выданному инструментом. Развёрнуто эта задача разбирается на странице экспертизы плагиата исходного кода.