Годный вопрос называет две вещи: объект и проверяемый критерий. Объект по PHP — это конкретный архив с контрольной суммой либо адрес площадки с датой снятия копии; критерий — пункт технического задания, требование договора или документация используемой системы.
Формулировки вроде «качественно ли выполнены работы» непроверяемы: эксперт вынужден будет подставить собственное представление о качестве, и заключение окажется уязвимым. Не следует также просить эксперта оценить достаточность доказательств или чужого заключения — это функция суда.
Полезно ставить вопросы раздельно: отдельно о соответствии заданию, отдельно о составе и происхождении кода, отдельно о причине отказа. Помощь с формулировками возможна до назначения экспертизы; после назначения вопросы уточняются только через суд.