При миграции MongoDB сопоставляют базы, коллекции и UUID, документы и вложенные массивы, типы BSON, ObjectId, Decimal128, даты, часовые пояса, двоичные значения и NULL. Проверяют индексы и их параметры, уникальные, частичные и TTL-индексы, правила проверки, сортировки, представления, пользователей, роли, ключи шардинга, зоны и метаданные.
Методика фиксирует контрольный момент, версии источника и приёмника, карту соответствия, отклонённые документы, преобразования, повторные попытки и переключение на новую систему. Равное число документов не гарантирует равное содержимое или поведение приложения. При переносе в реляционную СУБД отдельно проверяют разворачивание вложенных структур, массивы, отсутствующие поля и типы; при переносе между кластерами — UUID, индексы, права и изменения после среза. Если перенос и есть предмет спора, задачу закрывает экспертиза миграции баз данных.