Собрать данные можно с минимальным воздействием, но не без него. Приложение продолжает писать, oplog вытесняет старые записи, идёт фоновая работа хранилища, а диагностические команды сами попадают в журналы.
Согласованный снимок получают штатной процедурой и заранее описанным способом. Копировать отдельные файлы работающего каталога данных как самостоятельную базу нельзя: получится смесь состояний. Если для снимка запись блокируют, это остановка записи во всей системе — окно согласуют с владельцем, а команду снятия блокировки готовят заранее.
Восстановление и проверку гипотез ведут на отдельном стенде с копией. Границы сохранившегося отрезка oplog фиксируют сразу: именно они определяют, за какой период вообще можно что-то установить.