Назначение данного вида экспертизы уместно в том случае, когда имеются неустранимые противоречия в показаниях участников процесса (свидетелей, обвиняемых, потерпевших, подозреваемых). Также психофизиологическая экспертиза с использованием полиграфа позволяет разрешать противоречия, возникающие между показаниями и иными доказательствами по делу.
Судебную психофизиологическую экспертизу с использованием полиграфа назначают в уголовном и гражданском процессах. Однако указанное исследование может проводиться при разбирательстве административных правонарушений. На данный момент судебной практикой выработан ряд основных требований, которые предъявляются к судебным психофизиологическим экспертизам. Эти исследования регламентируются Федеральным законом «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации». Так, статья 8 данного Закона закрепляет научную обоснованность методик, которые применяются при исследовании на полиграфе, в качестве основного требования. Закон говорит и о том, что в экспертизе должны применяться средства объективного контроля. Требование научной обоснованности должно строиться на использовании лишь тех методов, которые описаны в научной литературе и апробированы в реальной практике. Использовать методы, которые не обладают этими качествами, недопустимо.
В ходе проведения судебной психофизиологической экспертизы полиграфолог дает оценку психофизиологическим реакциям подэкспертного. Реакции на определенные визуальные или вербальные стимулы могут дать сведения об их субъективной значимости, что позволяет говорить о том, что в памяти человека имеются следы какого-либо события. Анализ указанных следов позволяет решить вопрос о сокрытии информации, значимой для расследования преступления. Стоит отметить, что некорректным принято считать вопрос относительно причастности или непричастности к совершению преступления конкретного лица - обосновывается это тем, что понятие причастности включает в себя широкий спектр вовлеченности лица в определенное деяние. Вопрос, который касается правдивости показаний, или вопрос о совершении преступления относится к компетенции суда. В вопросе не должен формулироваться состав преступления. Если участник процесса отказывается от прохождения экспертизы, то действует принцип «от обратного». Исследуются показания противоположной стороны процесса, которая, как правило, сотрудничает с правоохранительными органами и способствует расследованию. Если у человека имеется психическое заболевание, а также алкогольная или наркотическая зависимость, прохождение психофизиологической экспертизына полиграфе ему противопоказано. В случае наличия подозрения в противопоказаниях целесообразно назначение подэкспертному судебно-психиатрической или судебно-медицинской экспертизы.
Заключение психофизиологической экспертизы выступает в рамках судебного разбирательства в качестве доказательства. При вынесении приговора судья может использовать выводы экспертов-полиграфологов.