Экспертизу при налоговом контроле назначает должностное лицо налогового органа по статье 95 НК РФ; исследование, которое налогоплательщик заказал сам, имеет другое основание. Проверяемое лицо знакомят с постановлением и разъясняют его права: заявить отвод, предложить кандидатуру эксперта и дополнительные вопросы, ознакомиться с заключением, а с разрешения должностного лица — присутствовать при исследовании и давать объяснения. Порядок объяснён на странице Налогового кодекса об экспертизе.
После ознакомления с заключением можно дать объяснения и возражения, просить поставить дополнительные вопросы или назначить дополнительную либо повторную экспертизу. Нужны основания: укажите неполноту источников, неясность ответа или ошибку расчёта и приложите подтверждения. Решение принимает налоговый орган по установленной процедуре. Договорное исследование может обосновать возражения, но не отменяет экспертное заключение и не подменяет действия налогового органа.