Судебную экспертизу назначает суд, а в соответствующем уголовном производстве — следователь или дознаватель. Назначивший орган определяет вопросы, выбирает эксперта или организацию и передаёт материалы. Стороны могут предлагать кандидатуру, вопросы и образцы через ходатайство, но не меняют задание эксперту самостоятельно.
Внесудебное исследование гражданин или организация заказывает по договору. Оно может быть полезно до иска, для переговоров или подготовки позиции, но частный заказ сам по себе не становится судебной экспертизой. Если экспертиза уже назначена, документы и дополнительные образцы направляют только через назначивший орган. До назначения можно запросить информационное письмо о возможности, стоимости и сроке исследования.