Комплексная экспертиза нужна, когда один вопрос или взаимосвязанная группа вопросов требует знаний из разных областей либо разных научных направлений внутри одной области. В споре о подписи это часто сочетание почерковедения с техническим исследованием документа.
Почерковед устанавливает исполнителя рукописного реквизита и оценивает признаки необычного выполнения. Специалист по техническому исследованию документов выясняет, выполнена ли подпись от руки, нанесена факсимиле, напечатана или смонтирована, а также исследует дописки, пересечения и другие признаки изготовления документа.
ГПК РФ и КАС РФ описывают комплексную экспертизу как работу нескольких экспертов, АПК РФ — не менее чем двух экспертов разных специальностей. Вместе с тем Верховный Суд РФ разъяснил, что определяющим является сочетание необходимых знаний, а не число исполнителей: эксперт с нужными компетенциями может провести комплексное исследование единолично. Для уголовного процесса такая возможность прямо разъяснена в постановлении Пленума Верховного Суда РФ. Состав исполнителей согласуют с учётом вида процесса и поставленных вопросов; сам формат не гарантирует определённого результата.